L’U.I.G.S.E.-F.S.E. est dirigée par un Conseil Fédéral, un Bureau Fédéral, un Commissariat Fédéral.
Le Conseil Fédéral est composé de représentants des associations fédérées. Normalement il se réunit chaque année, généralement en août. C’est le rôle du Conseil Fédéral d’établir les programme et les lignes d’action de l’Union, de décider de l’admission ou de l’exclusion des associations, d’approuver le bilan financier fédéral, d’élire les membres du Bureau Fédéral et des autres groupes ou commissions de travail.
Le Bureau Fédéral est composé du Commissaire Fédéral, du Président Fédéral, du Vice-Président Fédéral et du Secrétaire Fédéral. Le Conseiller Religieux Fédéral et les collaborateurs du Commissaire Fédéral participent aux réunions du Bureau avec voix consultative. Le rôle du Bureau Fédéral est la gestion courante de l’Union.
Le Commissaire Fédéral est chargé de la direction de l’Union, il garde contact avec les diverses associations, il diffuse les informations, suit le développement, crée les conditions d’une collaboration profitable entre les diverses associations. Pour ce faire, il bénéficie du travail d’une équipe (Commissariat Fédéral) avec des responsables spécifiques.
Actuellement, les charges fédérales sont distribuées comme suit:
- Commissaire Fédéral: Bruno Borde (France)
- Présidente Fédérale: Antonio Posa (Italie)
- Vice-Président Fédéral: Katarzyna Kieler (Pologne)
- Secrétaire Fédéral: Erik Paris (France)
- Secrétaire de l’UIGSE: Franziska Harter (Allemagne)